We use cookies to ensure you get the best experience on our website
Почетна Преглед Помоћ News
Регистрација Пријавите се
RemiGau
/
5HT_pain_ephys_source
1
0
Креирај огранак 0
Датотеке Дискусије 1 Захтеви за спајање 0 Вики

Нема описа

Грана: master
Гране Ознаке
5HT_pain_eph...
Remi Gau d37559da4c rename sub 184 sample FG file пре 2 година
.datalad 94840460fc [DATALAD] new dataset пре 3 година
sub-047 d161570a36 give all subjects a sub-label format пре 2 година
sub-050 4e4c46a978 add entities to microscopy files пре 3 година
sub-051 d161570a36 give all subjects a sub-label format пре 2 година
sub-052 d161570a36 give all subjects a sub-label format пре 2 година
sub-056 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-058 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-060 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-085 d161570a36 give all subjects a sub-label format пре 2 година
sub-089 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-090 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-103 d161570a36 give all subjects a sub-label format пре 2 година
sub-109 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-110 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-111 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-112 fa2e77f77e [DATALAD RUNCMD] rename files пре 2 година
sub-113 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-114 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-115 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-116 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-117 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-118 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-119 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-120 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-121 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-122 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-123 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-124 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-125 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-126 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-127 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-128 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-129 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-130 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-131 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-132 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-133 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-134 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-135 fa2e77f77e [DATALAD RUNCMD] rename files пре 2 година
sub-136 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-137 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-138 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-139 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-140 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-141 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-142 fa2e77f77e [DATALAD RUNCMD] rename files пре 2 година
sub-143 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-144 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-145 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-146 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-147 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-148 fa2e77f77e [DATALAD RUNCMD] rename files пре 2 година
sub-149 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-150 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-151 fa2e77f77e [DATALAD RUNCMD] rename files пре 2 година
sub-152 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-153 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-154 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-155 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-156 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-157 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-158 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-159 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-161 fa2e77f77e [DATALAD RUNCMD] rename files пре 2 година
sub-162 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-163 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-164 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-165 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-166 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-167 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-168 fa2e77f77e [DATALAD RUNCMD] rename files пре 2 година
sub-169 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-170 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-171 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-172 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-173 fa2e77f77e [DATALAD RUNCMD] rename files пре 2 година
sub-174 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-175 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-176 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-177 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-178 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-179 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-180 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-181 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-182 fa2e77f77e [DATALAD RUNCMD] rename files пре 2 година
sub-183 fa2e77f77e [DATALAD RUNCMD] rename files пре 2 година
sub-184 d37559da4c rename sub 184 sample FG file пре 2 година
sub-185 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-186 fa2e77f77e [DATALAD RUNCMD] rename files пре 2 година
sub-187 fa2e77f77e [DATALAD RUNCMD] rename files пре 2 година
sub-188 fa2e77f77e [DATALAD RUNCMD] rename files пре 2 година
sub-189 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-190 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-191 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-192 d161570a36 give all subjects a sub-label format пре 2 година
sub-193 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-194 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-195 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-196 fa2e77f77e [DATALAD RUNCMD] rename files пре 2 година
sub-197 fa2e77f77e [DATALAD RUNCMD] rename files пре 2 година
sub-198 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-199 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-200 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-201 fa2e77f77e [DATALAD RUNCMD] rename files пре 2 година
sub-202 fa2e77f77e [DATALAD RUNCMD] rename files пре 2 година
sub-203 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-204 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-205 fa2e77f77e [DATALAD RUNCMD] rename files пре 2 година
sub-206 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-209 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-211 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-212 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-213 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-214 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-215 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-216 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-217 d161570a36 give all subjects a sub-label format пре 2 година
sub-218 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-219 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-220 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-221 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-222 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-223 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-224 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-225 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-226 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-227 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-228 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-230 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-231 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-232 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-233 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-234 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-235 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-236 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-237 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-238 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-239 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-240 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-241 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-242 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-243 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-244 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-245 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-246 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-247 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-248 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-249 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-250 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-251 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-252 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-253 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-254 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-255 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-256 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-257 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-258 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-259 d161570a36 give all subjects a sub-label format пре 2 година
sub-260 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-261 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-262 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-263 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-264 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-265 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-266 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-267 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-268 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-269 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-270 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-271 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-272 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-273 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-274 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-275 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-276 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-277 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-278 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-279 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-280 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-281 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-282 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-283 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-284 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-285 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-286 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-287 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-288 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-289 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-290 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-291 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-292 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-293 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-294 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-295 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-296 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-297 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-298 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-299 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-300 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-301 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-302 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-303 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
sub-304 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-305 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-306 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-307 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
sub-308 8828568cf9 [DATALAD RUNCMD] fix chunk spelling пре 3 година
.gitattributes b2ff7bf529 Instruct annex to add text files to Git пре 3 година
README.md 5a4aee518c convert FH11 files пре 3 година
convert_to_csv.sh 442c52b10f create csv copy of each subject xls file пре 3 година
ephys.sh 5d956db96f update script to rename ephys data пре 2 година
microscopy.json 33be6e2b9e add some preliminary microscopy.json пре 3 година
microscopy.sh e75828e771 update cleaning script пре 3 година
no_interest.sh 4e1eb2eb28 deal with no interet folder пре 3 година
rename_ephys.sh c288157203 update renaming script пре 3 година

README.md

README

Que contient ce dossier et comment sont organisées ces données ?

Le dossier racine contient toutes les données brutes des expériences d’électrophysiologie que celles-ci aient abouties à un neurone injecté ou pas. Chaque expérience est numérotée de 1 à 308.

Seules les expériences faites par des enregistrements papiers (i.e avant les enregistrements par spike 2) ne sont pas présentes dans ce dossier : pour des infos sur ces manips (expérience de 1 à 111), il faut se référer aux cahiers de manip et aux tracés papiers.

Dans le dossier racine on trouve, pour chaque expérience :

  • un fichier excel qui indique :
    • la date de la manip,
    • le numéro du rat,
    • l’heure de début de manip,
    • les cellules rencontrées et enregistrées (avec profondeur, latéralité, antéro-postériorité),
    • quelques infos sur la caractérisation électrophysiologique des cellules, le temps d’injection juxtacellulaire, la durée jusqu’à perfusion…

Si l’expérience a donné lieu à une injection juxtacellulaire réussie, le fichier excel aura comme format :

[numéro de l’expérience] – [numéro de l’injection juxtacellulaire réussie].xls
  • et les fichiers spikes 2 d’enregistrements des différentes cellules de cette expérience.

cells

Use the sample entity to denote each recorded cell.

Dans chaque expérience, chaque cellule enregistrée est dénotée par une lettre :

  • A pour la première,
  • B pour la seconde…

Les fichiers spikes 2 d’enregistrements de données fonctionnent toujours par 2 :

  • un fichier .smr, qui contient les données elles-mêmes et qui est donc le plus volumineux,
  • un fichier .S2R qui contient la « mise en forme » des données.

runs

Different recordings of the same cell are denoted using the run entity.

En général le premier enregistrement correspond à la caractérisation électrophysiologique du neurone et le deuxième à son injection juxtacellulaire (qu’elle ait réussi ou non).

injected cells

Le dossier racine contient aussi des sous-dossiers numérotés de 28 à 140 (avec quelques numéros manquants). Ce numéro correspond au numéro de l’injection juxtacellulaire réussie.

Dans chacun de ces dossiers, on trouve les données brutes, les analyses et les photos des expériences « réussies » : où l’injection juxtacellulaire ET la révélation immuhisto (fluo et/ou chimique) ont TOUTES LES DEUX réussies.

Dans ces sous dossiers, on trouve le fichier excel de l’expérience concernée et les données sont triés par cellule (dossier A pour la cellule A, B pour la cellule B…) et il y a souvent un dossier archive qui contient les photos brutes des différentes cellules.

Ces photos brutes sont : celles issues de la prise de vue faite au microscope du 7ème étage qui donne des fichiers .tif (fichiers TIFF mais il faut rajouter manuellement l’extension pour pouvoir les ouvrir) et celles au format .psd (photoshop).

Dans les dossiers dédiés à chaque cellule, on trouve :

  • les enregistrements spike 2 bruts de cette cellule,
  • un fichier excel où on trouve les résultats des différentes quantifications de cette cellule : intensité de la réponse lorsque telle patte est stimulée à tant de degré…
  • des fichiers d’analyses de spikes 2. Ces fichiers marchent aussi par paire. Les fichiers « INTH » sont des histogrammes de la distribution des intervalles interspikes. Les fichiers « spike » sont le tracé du spike moyen. Les fichiers « AC » sont l’autocorrélogramme de la cellule concernée.
  • Des fichiers .psd qui sont les photos plus ou moins retouchées du neurone en fluo ou en immunohistochimie (IHC) à différents grossissements.

stain

Cells can have:

  • fluo: serotonergic staining (5HT)
  • fluo: neurobiotin staining (nb)
  • immunohistochemistry: dab nickel staining (dab)

chuncks

Several images of the different injected neurons were taken are denoted using the chunck entity.

The label denotes the lens magnification used on the microscope:

  • X4 --> 0400
  • X10 --> 1000
  • ...