Jelajahi Sumber

Upload files to ''

David Schaeffer 4 tahun lalu
induk
melakukan
4a86933762
73 mengubah file dengan 54 tambahan dan 0 penghapusan
  1. TEMPAT SAMPAH
      h_10_24p_roi.nii.gz
  2. TEMPAT SAMPAH
      h_1_24p_roi.nii.gz
  3. TEMPAT SAMPAH
      h_2_24p_roi.nii.gz
  4. TEMPAT SAMPAH
      h_3_24p_roi.nii.gz
  5. TEMPAT SAMPAH
      h_4_24p_roi.nii.gz
  6. TEMPAT SAMPAH
      h_5_24p_roi.nii.gz
  7. TEMPAT SAMPAH
      h_6_24p_roi.nii.gz
  8. TEMPAT SAMPAH
      h_7_24p_roi.nii.gz
  9. TEMPAT SAMPAH
      h_8_24p_roi.nii.gz
  10. TEMPAT SAMPAH
      h_9_24p_roi.nii.gz
  11. TEMPAT SAMPAH
      h_amygdala.nii.gz
  12. TEMPAT SAMPAH
      h_au1.nii.gz
  13. TEMPAT SAMPAH
      h_c10_24p.nii.gz
  14. TEMPAT SAMPAH
      h_c1_24p.nii.gz
  15. TEMPAT SAMPAH
      h_c1_map.nii.gz
  16. TEMPAT SAMPAH
      h_c2_24p.nii.gz
  17. TEMPAT SAMPAH
      h_c2_map.nii.gz
  18. TEMPAT SAMPAH
      h_c3_24p.nii.gz
  19. TEMPAT SAMPAH
      h_c3_map.nii.gz
  20. TEMPAT SAMPAH
      h_c4_24p.nii.gz
  21. TEMPAT SAMPAH
      h_c4_map.nii.gz
  22. TEMPAT SAMPAH
      h_c5_24p.nii.gz
  23. TEMPAT SAMPAH
      h_c6_24p.nii.gz
  24. TEMPAT SAMPAH
      h_c7_24p.nii.nii.gz
  25. TEMPAT SAMPAH
      h_c8_24p.nii.gz
  26. TEMPAT SAMPAH
      h_c9_24p.nii.gz
  27. TEMPAT SAMPAH
      h_insula.nii.gz
  28. TEMPAT SAMPAH
      h_m1.nii.gz
  29. TEMPAT SAMPAH
      h_mfc_c2.nii
  30. TEMPAT SAMPAH
      h_mfc_c3.nii
  31. TEMPAT SAMPAH
      h_mfc_c4.nii
  32. TEMPAT SAMPAH
      h_mfc_c5.nii
  33. TEMPAT SAMPAH
      h_ppc.nii.gz
  34. TEMPAT SAMPAH
      h_s1.nii.gz
  35. TEMPAT SAMPAH
      h_striatum.nii.gz
  36. TEMPAT SAMPAH
      m_amygdala.nii.gz
  37. TEMPAT SAMPAH
      m_au1.nii.gz
  38. TEMPAT SAMPAH
      m_c1_map.nii.gz
  39. TEMPAT SAMPAH
      m_c3_map.nii.gz
  40. TEMPAT SAMPAH
      m_c4_map.nii.gz
  41. TEMPAT SAMPAH
      m_c5_map.nii.gz
  42. TEMPAT SAMPAH
      m_insula.nii.gz
  43. TEMPAT SAMPAH
      m_lfc_1.nii.gz
  44. TEMPAT SAMPAH
      m_lfc_2.nii.gz
  45. TEMPAT SAMPAH
      m_lfc_3.nii.gz
  46. TEMPAT SAMPAH
      m_lfc_4.nii.gz
  47. TEMPAT SAMPAH
      m_lfc_5.nii.gz
  48. TEMPAT SAMPAH
      m_lfc_6.nii.gz
  49. TEMPAT SAMPAH
      m_lfc_7.nii.gz
  50. TEMPAT SAMPAH
      m_m1.nii.gz
  51. TEMPAT SAMPAH
      m_mfc_c2.nii
  52. TEMPAT SAMPAH
      m_mfc_c3.nii
  53. TEMPAT SAMPAH
      m_mfc_c4.nii
  54. TEMPAT SAMPAH
      m_mfc_c5.nii
  55. TEMPAT SAMPAH
      m_ppc.nii.gz
  56. TEMPAT SAMPAH
      m_s1.nii.gz
  57. TEMPAT SAMPAH
      m_striatum.nii.gz
  58. TEMPAT SAMPAH
      r_amygdala.nii.gz
  59. TEMPAT SAMPAH
      r_au1.nii.gz
  60. TEMPAT SAMPAH
      r_c1_map.nii.gz
  61. TEMPAT SAMPAH
      r_c2_map.nii.gz
  62. TEMPAT SAMPAH
      r_c3_map.nii.gz
  63. TEMPAT SAMPAH
      r_c4_map.nii.gz
  64. TEMPAT SAMPAH
      r_insula.nii.gz
  65. TEMPAT SAMPAH
      r_m1.nii.gz
  66. TEMPAT SAMPAH
      r_mfc_c2.nii
  67. TEMPAT SAMPAH
      r_mfc_c3.nii
  68. TEMPAT SAMPAH
      r_mfc_c4.nii
  69. TEMPAT SAMPAH
      r_mfc_c5.nii
  70. TEMPAT SAMPAH
      r_ppc.nii.gz
  71. TEMPAT SAMPAH
      r_s1.nii.gz
  72. TEMPAT SAMPAH
      r_striatum.nii.gz
  73. 54 0
      readme.md

TEMPAT SAMPAH
h_10_24p_roi.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_1_24p_roi.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_2_24p_roi.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_3_24p_roi.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_4_24p_roi.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_5_24p_roi.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_6_24p_roi.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_7_24p_roi.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_8_24p_roi.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_9_24p_roi.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_amygdala.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_au1.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_c10_24p.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_c1_24p.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_c1_map.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_c2_24p.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_c2_map.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_c3_24p.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_c3_map.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_c4_24p.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_c4_map.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_c5_24p.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_c6_24p.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_c7_24p.nii.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_c8_24p.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_c9_24p.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_insula.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_m1.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_mfc_c2.nii


TEMPAT SAMPAH
h_mfc_c3.nii


TEMPAT SAMPAH
h_mfc_c4.nii


TEMPAT SAMPAH
h_mfc_c5.nii


TEMPAT SAMPAH
h_ppc.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_s1.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
h_striatum.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
m_amygdala.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
m_au1.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
m_c1_map.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
m_c3_map.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
m_c4_map.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
m_c5_map.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
m_insula.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
m_lfc_1.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
m_lfc_2.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
m_lfc_3.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
m_lfc_4.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
m_lfc_5.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
m_lfc_6.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
m_lfc_7.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
m_m1.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
m_mfc_c2.nii


TEMPAT SAMPAH
m_mfc_c3.nii


TEMPAT SAMPAH
m_mfc_c4.nii


TEMPAT SAMPAH
m_mfc_c5.nii


TEMPAT SAMPAH
m_ppc.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
m_s1.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
m_striatum.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
r_amygdala.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
r_au1.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
r_c1_map.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
r_c2_map.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
r_c3_map.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
r_c4_map.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
r_insula.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
r_m1.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
r_mfc_c2.nii


TEMPAT SAMPAH
r_mfc_c3.nii


TEMPAT SAMPAH
r_mfc_c4.nii


TEMPAT SAMPAH
r_mfc_c5.nii


TEMPAT SAMPAH
r_ppc.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
r_s1.nii.gz


TEMPAT SAMPAH
r_striatum.nii.gz


+ 54 - 0
readme.md

@@ -0,0 +1,54 @@
+Data for "Divergence of rodent and primate medial frontal cortex functional connectivity"
+
+Naming of files:
+$species:
+h=human
+m=marmoset
+r=rat
+
+$cluster:
+c1-c4=clusters 1-4
+c1-10=cluters 1-10 *For human area 24 posterior subclustering
+c1-7=cluters 1-7 *For marmoset LFC clustering
+
+$rois
+Au1 = primary auditory cortex
+PPC = posterior parietal cortex
+S1 = primary somatosensory
+M1 = primary motor
+Amygdala = Amygdala
+Insula = Insula
+striatum = striatum
+1-10 = 1-10 human area 24 posterior
+
+
+Description of contained files:
+$species_$cluster_map: .nii.gz seed resting state maps from each of the 4 clusters, in each species
+
+$species_$roi: .nii.gz files of individual ROIs in respective template spaces
+
+$species_mfc_$cluster: clustering solutions for each species
+
+$species_$cluster_24p: .nii.gz seed resting state maps from each of the 10 area 24p subclusters
+
+$species_$roi_24p_roi: .nii.gz files of individual ROIs for each of the 10 area 24p subclusters
+
+$species_LFC_$cluster_LFC: .nii.gz seed resting state maps from each of the 7 marmoset LFC clusters
+
+*Marmoset LFC clustering solutions provided in previous manuscript, see https://gin.g-node.org/everling_lab_marmosets/Marmoset_LFC_funcitonal_boundaries
+
+*To derive fingerprints and resultant cosine similarity, please use publicly available code as follows:
+1. Extract timecourse from each roi (from RS maps): https://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/program_help/3dmaskave.html
+
+2. Normalize; in matlab: e.g., r_mfc_c1 = rescale(dlmread('r_mfc_c1.txt')
+
+3. Calculate cosine similarity: https://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/62978-getcosinesimilarity-x-y
+
+4. Plot fingerprint: https://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/30305-spider-rader-chart-for-multi-data
+
+*Template anatomical files available for download through respective publications:
+1. Marmoset: C. Liu, et al., A digital 3D atlas of the marmoset brain based on multi-modal MRI. Neuroimage 169, 106–116 (2018).
+2. Rat: G. Paxinos, C. Watson, E. Calabrese, A. Badea, G. A. Johnson, MRI/DTI atlas of the rat brain.
+3. Human: Available through AFNI: https://afni.nimh.nih.gov/AFNIAtlases
+
+*Please contact Dr. Yuki Hori (yhori@uwo.ca) for permutation testing code, made available upon reasonable request.